Targetscan软件预测靶基因，是不是越靠前的，可能性越大
MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，目前发现的数量就那么几条，从基因组DNA上转录下来，经过两次剪接，成为成熟的MiRNA。给你三个数据库和软件：miRbase：microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。 Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。
怎么获知mir与靶基因所结合的位点
miRNA sponge抑制载体，经特异地优化设计，增强吸附能力的同时增加了更多的结合位点，这样提高了成熟miRNA或siRNA抑制能力，消弱细胞中miRNA或siRNA导致的基因沉默效应，从而进行miRNA或siRNA功能缺失性研究。
MiRNA sponge载体与化学修饰的反义寡核苷酸相比，有它无可比拟的优势：a. 由于miRNA sponge是由质粒编码的，可以反复使用；b. 它能够通过包装慢病毒颗粒达到稳定沉默细胞microRNA的细胞系，有利于进行对原代细胞和难转染细胞miRNA的抑制； c. 能够沉默整个家族的microRNA以达到对整个家族microRNA功能的研究； d. 可以利用miRNA sponge实现体内外loss of function研究；e. 可以用来检测luciferase靶基因报告系统分析；f. 可以自由组合串联不同miRNA抑制子序列，达到沉默多种不同miRNA的目的。
如何快速找出targetscan，PicTar，miRanda所预测靶基因的交集
只是找交集的话excel就可以吧：先对靶基因排序，然后执行函数“=if(A1=A2,"same","")”就可以看到哪些基因被多次预测。
R语言里的Venn package则可以快速计各个结果相互之间的overlap情况。
不过，pictar预测出来的是NM编号的转录本，而非基因名；
而targetscan和miRanda预测出来的是基因名。
所以找交集时候需要注意。